Villa Pehuenia, como localidad turística, tiene pocos años de existencia. Pero su tierra encierra una historia milenaria, que nace con el surgimiento mismo de la cordillera de los Andes. Un poco más recientemente, en los períodos Jurásico y Cretácico, el Pehuén (Araucaria Araucana) ya dibujaba su particular silueta en el paisaje prehistórico.
En cuanto a la presencia humana, existen indicios que denotan la actividad del hombre mucho más cerca en el tiempo, unos diez mil años atrás. Luego del proceso de araucanización de los tehuelches septentrionales, aproximadamente en el siglo XVII, se fueron creando los primeros asentamientos mapuches en esta zona (para las veranadas), denominándose pehuenches a los que habitaban los territorios dominados por pehuenes.
Si bien con la Conquista del Desierto se oficializó la presencia huinca (gente blanca) en la región, el comercio (no siempre legal) entre mapuches y criollos es de larga data y bastante anterior a la expedición del General Roca. Don Alejandro Arce (estanciero de Necochea, provincia de Buenos Aires) usaba el Paso del Arco para cruzar su ganado y venderlo en Chile. Inclusive en la actualidad viven en Villa Pehuenia y Moquehue descendientes de este estanciero.
Hasta 1881, habitaba la zona gente que respondía al Cacique Renque Curá (hermano de Calfucurá). La colaboración entre mapuches y criollos en el aspecto comercial, llegó incluso al traslado compartido de ganado maloneado en las pampas, que por lo accesible de los pasos y su baja altura sobre el nivel del mar, eran cruzados por la zona de El Arco e Icalma.
Con el tiempo, y por convenios con el Estado Nacional, se entregaron tierras a las comunidades Puel (en las costas norte de los lagos Aluminé y Moquehue y en la zona de la Angostura entre ambos) y Catalán (en Lonco Luan), siendo éstas las dos comunidades mapuches que residen en el ejido comunal.
De a poco, la convivencia se fue afianzando y comenzaron los primeros asentamientos huincas, con lo que el Estado Nacional se vio obligado, hace más de 70 años, a crear la Escuela Nº 90, en la zona de la Angostura de los lagos Aluminé y Moquehue.
A mediados del siglo pasado se forjó una explotación forestal de importancia. Las empresas Colombo y Alvarez – Durán fueron pioneras en este aspecto. Cabe destacar que el traslado de la madera requería un espíritu aventurero sin igual, ya que no existían los caminos actuales y los que había eran mejorados permanentemente a pala y pico. Era famoso el recorrido del camino denominado Withvoort, en alusión al apellido de uno de los primeros colonos, un norteamericano con la estampa típica de un cowboy, quien fuera el primero en abrirlo y transitarlo.
El movimiento generado por la industria forestal hizo que el centro de la explotación de la provincia del Neuquén estuviera localizado en Moquehue. Inclusive se recuerda al señor Campos, del Instituto Forestal Nacional, quien diseñó todo el sistema de combate de incendios y construyó miradores en toda el área.
Continuó el crecimiento, que impulsó la institucionalización de la villa. Por ello, el 20 de enero de 1989, bajo el gobierno del Ing. Pedro Salvatori, se procede a fundar Villa Pehuenia, a orillas del lago Aluminé. La denominación de su nombre proviene de la intensidad que el paisaje presenta en la concentración de pehuenes, árbol milenario y característico de la zona.